C'è anche un doppio errore nel calcolo dei punteggi assegnati ai progetti in gara all'origine del ricorso al Tar (con richiesta di sospensiva) presentato dalle aziende seconde classificate nell'appalto relativo all'orto botanico di Villa Olmo. Uno scivolone della commissione di gara che, al termine delle 14 sedute riservate e delle 4 pubbliche, aveva sommato in maniera errata i punteggi assegnati ai primi due progetti classificati. E' dunque servita una correzione successiva sia alla somma del punteggio delle aziende vincitrici (Vivai San Benedetto srl di Peschiera del Garda, Cartocci Strade srl di Villa Guardia e Larioelettra srl di Como), sia quello attribuito alle seconde classificate (Nuova Malegori srl, Na.Gest-Global Service srl ed Italiana Costruzioni, affiancati dai progettisti Italiana Costruzione Engineering srl, Digierre 3 e dai professionisti architetto Dong Bertin, dottoressa Anna Bocchietti, agronomo Nicola Canepa, architetto Jacopo Giovanni Villa), per poter avere la classifica definitiva e - soprattutto - per determinare l'aggiudicazione dell'appalto comunale da 2,4 milioni di euro.

L'errore si è concretizzò così: in un primo momento, la commissione comunale assegnò ai vincitori il punteggio totale di 80,45 (nato da 62,24 punti per l'offerta tecnica e 18,21 per quella economica); ai secondi classificati, invece, il punteggio attribuito inizialmente fu di 77,55 (53,55 punti per l'offerta tecnica e 24,00 per l'offerta economica). In base a questi numeri venne dunque stilata la classifica poi comunicata ufficialmente da una nota di Palazzo Cernezzi il primo dicembre 2015.

Qualche giorno dopo però - ed esattamente il 4 dicembre - a seguito del riconteggio dei punteggi assegnati, in Comune ci si è accorti di un doppio errore. Infatti, ai secondi classificati erano stati "tolti" ben 3 punti, tanto è vero che il totale rivisto e corretto è definitivamente salito a 80,55. Ai primi classificati, invece, il calcolo aveva tolto 1,20 punti con un totale definitivo che dunque è salito a 81,65. Inutile rimarcare che particolarmente questo secondo aggiustamento alle somme finali si è rivelato determinante, poiché - in ipotesi - se l'errore non fosse stato scovato e i primi classificati fossero rimasti col punteggio originario di 80,45 avrebbero perso l'appalto, vista la correzione da 3 punti che ha portato i secondi a quota 80,55. Ad ogni modo, dopo le correzioni, dal "fossato" iniziale di quasi 3 punti, tra primi e secondi si è passati a una differenza finale di 1,10 punti. Quasi inevitabile, dunque, che i vincenti mancati, per un appalto del valore di oltre 2 milioni e pure gravato da un errore nei punteggi (per quanto rapidamente corretto), sia siano rivolti al Tar.